Zamek w Muszynie wybudowany został w drugiej połowie XIII wieku. Dokumenty z tego czasu poświadczają, że wisie Muszyna i Świniarsko zostały przekazane z prywatnych rąk, od niejakiego Wysza w posiadanie biskupstwa krakowskiego (1288 r.) za władztwa Pawła z Przemankowa. Przekazywanie darowizn prywatnych w ręce Kościoła było powszechną praktyką w średniowieczu. Najprawdopodobniej istniała wówczas budowla obronna usytuowana na wzgórzu zamkowym. Miała ona charakter drewnianej wieży otoczonej wałem ziemnym, chociaż znajdowała się ona na innym, drugim wzniesieniu, oddalonym od dzisiejszych ruin o około 100 metrów. Obronnym punkt pełnił rolę niewielkiej strażnicy, otoczonej fosą (częściowo wykutą w skale) i wałem drewniano-kamiennym. Na drugim wzgórzu, później wybudowano drewniany gródek, w stosunku do którego strażnica pełniła funkcje pomocnicze. Według tradycji zamek zwany był Płoche, a inicjatorem jego budowy był ród Berżewickich herbu Tatry. Niektóre poglądy wskazują, że inicjatorem powstania właściwego zamku miał być biskup krakowski Jan Muskata, zwolennik stronnictwa praskiego i zaciekły przeciwnik księcia Władysława Łokietka. Dzięki swemu poparciu dla władzy czeskiej w Polsce, uzyskał on potwierdzenie posiadania zamku od króla Wacława (1301 r). Za czasów Muskaty wzniesiony został pierwszy murowany element – kamienna wieża. Zamek w jego właściwej, kamiennej formie powstał najprawdopodobniej za czasów króla Kazimierza Wielkiego. Niezależnie kto wybudował zamek, od co najmniej połowy XIV był on własnością królów polskich, co było wynikiem przegranej walki Muskaty z Łokietkiem. Dopiero Władysław Jagiełło ponownie oddał go w ręce biskupów krakowskich w 1391 roku (według innych historyków nastąpiło to dopiero w 1440 roku). W 1474 roku Muszyna z zamkiem została zajęta przez wojsko króla węgierskiego Macieja Korwina. Zamek został wówczas zniszczony. W latach osiemdziesiątych biskupi krakowscy odbudowali zamek.